全自动软化水设备一般采用以下几种消毒方式：

       1、臭氧消毒：臭氧可杀灭细菌繁殖体和芽孢、真菌等，并可破坏肉毒杆菌。臭氧杀菌机制为通过氧化作用破坏微生物膜的结构而实现杀菌效果。臭氧先作用于细胞膜，使膜构成成分受损而导致新陈代谢障碍。臭氧继续渗透穿透膜并破坏膜内脂蛋白和脂多糖，改变细胞的通透性，导致细胞溶解、死亡。该机制为通过氧化作用破坏其核糖核酸或脱氧核糖核酸。

       2、巴氏消毒：是指将液体加热到相应温度并持续一段时间，以去除可能导致变质或不需要的发酵微生物的过程。有两个主要功能：（1）用于全自动软化水设备系统中的预处理单元的周期性消毒，RO/EDI单元的周期性消毒，以及储存与分配管网单元的周期性消毒；（2）用于注射用水系统正常运行时的微生物控制。

       3、化学消毒：化学消毒是指用化学消毒的药物作用于微生物和病原体，使其蛋白质变性，失去正常功能而死亡。目前全自动软化水设备常用的有氧化消毒剂、碘类消毒剂、醛类消毒剂、杂环类气体消毒剂、醇类消毒剂、季胺类消毒剂等。